有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?

来源：学生作业帮编辑：搜搜做题作业网作业帮分类：综合作业时间：2024/07/20 06:00:06

有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?
从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一个做形态鉴定.老师建议说,可以先把所有的序列拿来做一个系统发育树,说是系统发育树会把同一个属的分成一簇一簇的,然后就可以从每簇中选取一到两个做形态鉴定,这样可以快一些,知道该簇是什么属,但是没法鉴定到种.我自己本来没有做过,一点都不懂.其实我本来是想把所有的鉴定到种的.如果按我老师给的方法做的话,不知道这个系统发育树该怎么建呢?要用什么软件?恳请懂的人帮帮忙,尽量说的详细些,因为我是菜鸟.
感激不尽.

我只知道大致的方法,还望大牛指正
先用Clustal或者MUSCLE把序列做对位处理（可能需要用GBLOCKS从中获取有效的序列）.如果只想知道大致的结构（比如像你这样需要用于帮助分类）,可以用Clustal或者Phylip里的NJ树会比较快.否则的话,需要选取合适的构造算法及模型（比如比较常见的ML法和Bayesian法）.下面两个连接可以参考一下,不过里面还是有很多复杂的东西.如果你对此完全没概念的话,最好找些做进化或者生物信息的同学参考一下.
http://blog.sina.com.cn/s/blog_59b2eb470100del6.html
http://abc.cbi.pku.edu.cn/lectures/caas08f1c.pdf
另外,如果你已经有了这些序列,建议你去NCBI看看.我记得那里有批量BLAST的工具,可能不需要构树,应该也会对你有帮助.
再问：我已经知道了我所得的菌的16SrDNA的序列，这些菌都是解磷细菌。现在就是想把这些序列全部拿来做一个系统发育树，大致的分各类，我的老师说，通过系统发育树可以确定到属。这样的话，我就可以从各个属里面选一株菌做形态鉴定，工作量会减少，不用把两百多株都拿来形态鉴定。这种情况的话，要用哪种方法构建比较好呢？
再答：简单的要构树看一下的话，用NJ试试吧。比较快，而且准确性也一般还可以。

细菌16s rdna测序后怎么比对和构建系统发育树,老师不管我们了 16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手最近很多人利用叶绿体rbcl基因序列的手段检测植物的系统发育,到底什么原理啊细菌如何提取16srDNA（用来做种类鉴定的） S rDNA基因的V3区引物与16SrDNA 基因序列的扩增采用细菌通用引物之间有什么区别呢? 16srdna测序需要向测序公司提供序列外还要提供什么吗? 系统发育 DGGE图谱怎么进行优势种、聚类、系统发育树的分析,各用什么软件?最好能提供下载哦……谢谢国家为什么要构建和谐社会国家如何做青少年如何做构建和谐社会的意义要构建一个和谐的法治社会,作为一个公民应该怎么做您好,我想问一下您已知一个基因的序列怎样作它的多序列对比和构建进化树, excel中做图表,横坐标为有日期和时间的序列,要怎么设置