NCBI中的Query cover是什么意思
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/07/27 04:53:19
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在Genbank中,每条登陆上传的核酸序列都有一个唯一的ID号,可以凭借此ID迅速找到该核酸序列.
1、打开NCBI的主页2、在Search后面的第一个框内选择Nucledite3、在第二个框内输入你所要寻找的菌株名称4、点击Go5、在结果中过滤你需要的基因6、打开该搜索结果即可在最底部看到基因序列
gi是序列(如gene,protein,mRNA...)存入NCBI数据库时顺序assign的一个数字,便于database管理和监控.值得注意的是gi和基因编号(geneID)无关,后者是针对每个基
对序列匹配程度进行评分后得出的分值
不能,要用多序列比较程序,如clustalw.
NCBI在线Blast的图文说明本文详细出处参考:http://liucheng.name/475/关于Blast的文章:http://liucheng.name/tag/blast/
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PLN是一个缩写词,代表plant,fungal,andalgalsequences,这个词代表GenBank18个子库中的一个.不同的物种序列此处的值会有所不同.18个子库的缩写和全称如下.事实上如
NCBI对Blast的原理和结果有专业的说明http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html
ncbi,选取tblastn方式,选拟南芥基因组(苔藓基因组有没有我不清楚,不是做植物的),然后输入cp43/47的蛋白质序列(注意不是dna).然后启动,blast中几个(分布在不同染色体,或者同一
+号表示的是相似性质的氨基酸残基.
GT-AG规则存在着一定的变异.近缘基因组中的同源基因一般有保守的intron/exon结构,可以帮助鉴定内含子和外显子的边界.
也就是说你的样品序列和网上序列的比对率,小于40bp重合就是黑色,50-80是绿色,大于200bp就是红色,
将你需要比对的蛋白质序列选中,在BLAST界面EnterQuerySequence下面的大框中输入,如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对,再下面的ChooseSearchSet中
选核苷酸那个nucleotide在basicblast里面再问:请问是nucleotidecollection,选择这个对吗?还有blast之后,要建树嘛,怎么选择同源性菌株呢?再答:嗯对的建树时同源
你登记账户后,这个栏目下可以保存你的检索记录,包括文献,序列等等.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,是一个基因库,可以查询已知序列,还可以查找文章,登记序列等等,不管是筛选细菌还是做分子实验,都是很有用的网站
一般而言,在NCBI(也就是Entrez数据系统)查基因序列,主要是搜索的NCBI的Genbank数据库的核酸与蛋白质序列,方法见六零六406.由于Genbank起初是一个类似BBS的序列数据库系统,
可以在NCBI上查到,在gege数据库中搜索,可以看到基因在染色体上的定位信息,自然可以知道其拷贝数.再问:请问gege数据库在哪里,我没有找到。在NCBI的首页上有链接吗?再答:是的,在NCBI首页
序列标签位点sequence-taggedsite,是已知核苷酸序列的DNA片段,是基因组中任何单拷贝的短DNA序列,长度在100~500bp之间.任何DNA序列,只要知道它在基因组中的位置,都能被用